La JEP ha sido duramente criticada por los opositores del Acuerdo de Paz, porque presuntamente, este sistema judicial fue creado para favorecer a los guerrilleros y para dejar impunes sus delitos.
Sin embargo, los coroneles Publio Hernán Mejía y Juan Carlos Figueroa, el primero condenado en la justicia ordinaria a 39 años de cárcel por el asesinato de 20 personas y el segundo, investigado por el homicidio fuera de combate de 52 civiles, parecen demostrar que los militares que no admiten ninguna responsabilidad en la comisión de crímenes de guerra ante ese tribunal especial. Ambos están recibiendo un trato que para algunos defensores de derechos humanos resulta excesivamente blando con ellos.
